L'Assemblea dei Soci si riunisce almeno una volta l'anno per deliberare sulla programmazione e il bilancio consuntivo. Ogni tre anni elegge il/la Presidente, il/la Direttore/trice e Legale Rappresentante, i membri del Consiglio Direttivo, nomina l’Organi di Controllo e conferisce l’incarico di revisione legale dei conti.

Il Consiglio Direttivo supervisiona l'operato delle strutture operative, nomina i relativi responsabili e assume varie decisioni di rilevanza generale.

Il coordinamento operativo delle attività è assicurato dall’Esecutivo, composto dal/la Presidente, Direttore/trice e altri dirigenti nominati dal Consiglio Direttivo. 

I progetti sono coordinati nella sede di Roma dai Direttori delle Aree Geografiche: Laura Carraro, Africa; Luigi Grando, America Latina e Caraibi; Deborah Rezzoagli, Europa dell’Est ed Asia; Gianluca Falcitelli, Medio Oriente e Mediterraneo; Giordana Francia, Italia ed Unione Europea.

Per assicurare determinati livelli elevati di qualità operativa e di coordinamento interistituzionale, nei paesi in cui opera più intensamente, il CISP costituisce un ufficio locale gestito dal/la Rappresentante Paese.

Il CISP si avvale, inoltre, di sedi regionali in Italia che hanno la funzione di consolidare il rapporto con il territorio e le istituzioni locali.