La Junta General se reúne al menos una vez al año para deliberar sobre la planificación y el balance. Cada tres años, los miembros eligen al Presidente, al Director, al Representante Legal y a los demás miembros del Consejo Ejecutivo y a los Auditores.

El Consejo de administración supervisa el trabajo de las estructuras operativas, nombra a los directivos correspondientes y toma diversas decisiones de importancia general.

La coordinación operativa de las actividades está garantizada por el Consejo Ejecutivo, que está compuesto por el Presidente, el Director y otros directivos nombrados por el Consejo de Administración.

Los proyectos son coordinados en la sede de Roma por los Directores de Área Geográfica: Laura Carraro, África; Luigi Grando, América Latina y el Caribe; Deborah Rezzoagli, Europa del Este y Asia; Gianluca Falcitelli, Oriente Medio y el Mediterráneo; Giordana Francia, Italia y la Unión Europea.

Para garantizar un alto nivel de calidad operativa y de coordinación interinstitucional, el CISP establece oficinas locales gestionadas por los Representantes Nacionales en los países en los que operamos con mayor intensidad.

El CISP también cuenta con oficinas regionales en Italia para consolidar las relaciones con el país y las instituciones locales.